La grande région de Montréal abrite de grands herbiers, ainsi que de nombreuses zone de frai, situés entre autres dans les rapides du Saint-Laurent ainsi que dans le Lac Saint-Louis. Ces habitats favorisent la vitalité des eaux du fleuve et il est à noter que les rapides de Sainte-Anne ont été déclarés « sanctuaire de pêche ». Ce statut a pour but de protéger les géniteurs qui se rassemblent en grand nombre dans cette aire de reproduction. On retrouve également la plus importante frayère d’esturgeon jaune au Québec dans la rivière des Prairies, ainsi qu’une des deux frayères connues au Québec de l’alose savoureuse.
En revanche, l’étalement urbain, la création de l’autoroute 132 et du Port de Montréal se sont réalisés au détriment des milieux humides et des herbiers aquatiques nécessaire à la reproduction de nombreuses espèces de poissons. Ainsi le nombre d’espèce est moins élevé dans ces secteurs.
Frayères
De nombreuses frayères se retrouvent sur tout le territoire d’Accès Fleuve / Comité ZIP Ville-Marie. Dans le secteur du lac Saint-Louis, on a recensé six zones de frayères, tandis que 16 frayères ont été identifiées dans les rapides de Lachine, 11 dans le petit bassin de La Prairie et 4 dans la région de Longueuil. Plus précisément, le bassin de la Prairie est une frayère pour les salmonidés et les maskinongés.
Circulation des poissons
Avec les nombreux aménagements urbains, les poissons ne circulent pas aisément sur le territoire. Tout d’abord, des milliers d’alose savoureuse, un poisson de mer, meurt chaque année en tentant de traverser le barrage sur la rivière des Prairies au niveau de l’île de la Visitation. Pour réduire les dommages, Hydro-Québec arrête les turbines lorsque des groupes de poissons se préparent à franchir l’obstacle. En ce qui concerne le Canal de Lachine et le petit bassin de La Prairie, ce sont les écluses qui bloquent la circulation des poissons.
Ensemencement dans la région de Montréal
Pendant de nombreuses années, le Ministère des Ressources naturelles et de la Faune a fait de l’ensemencement dans la région de Montréal pour soutenir la pêche, principalement à la truite. Depuis 1994, il est possible pour les municipalités de faire une demande de subvention pour l’ensemencement via le Programme de soutien financier pour l’ensemencement des lacs et des cours d’eau.
Description du programme
| Plan d’eau | Nb d’espèces | Nb de familles | Espèces importantes |
| Lac Saint-Louis | 88 | 24 | Perchaude, doré, meunier noir |
| Fleuve au niveau de Longueuil |
58 | 23 | Perchaude, meunier noir, barbotte brune |
| Rapides de Lachine | 66 | 23 | Perchaude, l’omble de fontaine, le saumon coho, la truite fardée |
| Canal de Lachine | 15 | ||
| Rivières des Prairies | Esturgeon jaune, alose savoureuse | ||
| Rivière Saint-Jacques | 35 |
